L'Hégémon Peter Wiggin a pris la décision de faire évader le redoutable Achille, psychopathe avéré, des geôles chinoises. Il croit pouvoir se servir de lui. Mais n'est-ce pas une grave erreur ? Ne risque-t-il pas de remettre en selle l'être le plus dangereux de la planète ?
Bien sûr, il y a le génial Bean, ultime recours. Mais Bean a d'autres problèmes, d'autres angoisses à affronter. Enfant miracle d'une manipulation génétique, il sait que sa mort est proche. Et Petra, son amie de toujours, sa promise aujourd'hui, veut porter ses enfants. Le risque est grand d'engendrer de pauvres êtres sans grande espérance de vie.
La clandestinité les attend tous à nouveau ; propagande, manœuvres discrètes ou désespérées, tentatives d'assassinat, chantage, une nouvelle guerre de l'ombre s'engage qui va mener à la guerre ouverte.
Après La stratégie de l'ombre et L'ombre de l'Hégémon, Les marionnettes de l'ombre poursuit le récit des aventures de Bean, l'ancien compagnon d'Ender.